서울시보건환경연구원은 엔테로바이러스 감염증 병원체 감시사업(Korea Enterovirus Surveillance System; KESS)에 참여하고 있다. 엔테로바이러스 감염증 의심 환자가 발생하면 참여의료기관이 검체를 채취하고 서울시보건환경연구원에서 엔테로바이러스 병원체 확인 검사를 실시하고 있다.
