서울시보건환경연구원 동물질병진단팀은 반려동물과 야생동물, 동물원 동물부터 가축에 이르기까지 폭넓은 대상을 아울러 부검, 병성감정, 질병 검사 및 감염병 모니터링을 수행하는 부서이다.